Çavuşin, Roma döneminden günümüze kadar uzanan tarihi katman katman, bir ağacın yaş halkaları gibi gözlemleyebileceğimiz bir yerleşim yeridir. Roma döneminde çevredeki alanlarda Hristiyanlığı yaymaya çalışan dervişler, Roma askerlerinden kaçmak için Çavuşin bölgesindeki kayaları oyarak saklanma yerleri oluşturmuşlardır. Böylece Çavuşin köyünde yaşam başlamıştır. İnsanlar, toprağın çok verimsiz olmasından dolayı geçimlerini sağlamak için tarım yapmaya çalışmış, ancak kayalara oydukları evlerin bir köşesine güvercin evleri adı verilen küçük oluklar inşa etmişler ve geçimlerini güvercin gübresi kullanarak sağlamışlardır. Bizans döneminde, insanlar korkusuzca Hristiyanlığı benimsediklerini söylemeye başlamışlardır. Nüfus çoğunlukla Hristiyanlardan oluşmaktaydı. 1071 Malazgirt Savaşı'ndan sonra Selçuklu Türkleri Anadolu'ya ayak bastıktan sonra, Türkler bölgeye yerleşmiş ve Hristiyanlarla uyum içinde yaşamışlardır. Köyde bir yandan kervansaraylar, camiler ve türbeler inşa edilirken, diğer yandan Bizans döneminde yapılan manastırda huzur içinde ibadet devam etmiştir.
Bu köy, kiliselerin sığınağı olarak bilinir. Çavuşin köyünün girişinde yüksek bir yamaçta inşa edilmiş olan Vaftizci Yahya Kilisesi, bölgedeki en eski kilisedir ve muhtemelen 5. yüzyılda yapılmıştır (çünkü boyanmıştır). Kapadokya'da pek görülmeyen geniş avlusu, son yıllarda kaya düşmeleri sonucu tahrip olmuştur. Eski Çavuşin vadisindeki antik yerleşim yerleri, Hristiyan dervişlerin ve toplulukların yaşadığı yerlerdir.